Södertörns högskola har sedan 1996 gjort Flemingsberg till en central plats för forskning och utbildning i regionen. Idag är högskolan en viktig del i en av Sveriges starkaste utbildningsmiljöer med totalt närmare 15 000 studenter.
Campus Flemingsberg rymmer de tre akademierna Södertörns högskola, Karolinska Institutet och Kungliga Tekniska högskolan.
Södertörns högskola har utbildning och forskning inom humaniora, samhällsvetenskap, teknik och naturvetenskap. Högskolan har även lärarutbildning med interkulturell profil. I början av 2008 antog högskolan en ny forsknings- och utbildningsstrategi som beskriver högskolans ambitioner och mål för de närmaste åren. Här beskrivs bland annat högskolans åtta centrala forskningsområden (se faktaruta) samt ambitionen att bli ett universitet med egen examinationsrätt på forskarnivå. Under 2008 och 2009 växer Södertörns högskola med 19 nya professorer där de nya professorstjänsterna också speglar Södertörns högskolas spetsområden.
Högskolans huvudbyggnad Moas båge har fått sitt namn efter författaren Moa Martinsson som levde och verkade på Södertörn. Genom dörrarna på Moas båge strömmar de studenter som lockats hit av högskolans profil som är mångvetenskaplig och mångkulturell och syftar till medborgerlig bildning.
Södertörns högskola arrangerar varje år en stor mängd öppna föreläsningar och seminarier, med fokus på allt från klimatfrågor till mediekritik, historia, ekonomi och arkitektur. Dessa är öppna för alla intresserade och sker ofta i samarbete med andra lärosäten och organisationer.